Prehistòria
La presència humana a la vall de Capafonts es remunta a l'Epipaleolític i el Neolític, com ho demostren les troballes fetes a la cova del Daniel pel Dr. Vilaseca i al Bec de la Gallina. Tanmateix, algunes peces de sílex trobades en nivells de la plana immediata al poble semblen indicar que deu haver-hi jaciments encara per descobrir, els quals confirmarien el poblament en aquelles èpoques. El poblament del territori de Capafonts a l'època que va del Neolític a l'Edat del Bronze s'inclou en una població que degué estendre's per aquest conjunt muntanyenc, com ho confirmen troballes referents a la indústria del sílex fetes a diferents indrets: Cova del Cisterer, els Segalassos, l'Abellera, barranc de les Marfanyes, Rojals,etc.
Edat antiga
La continuïtat de la presència humana a l'àrea de Capafonts en aquesta època ve confirmada per troballes en les immediacions de restes de moles de molí, ceràmica i monedes ibèriques il·lergetes del segle II. S'han trobat restes d'una vil·la romana a la partida de les Planes, a tocar del poble, s’han recuperat monedes dels segles II i III d.C., així com una necròpolis de l'època visigòtica en el camí del Mas del Dineral.
Món Medieval
En temps dels sarraïns, Capafonts depenia políticament i administrativament de Siurana, la qual augmentà en el segle XI, per la gran quantitat de refugiats musulmans que fugien dels cristians. A partir del 1151, la vall del Brugent restà sota el control del comte de Barcelona i en conquerir Siurana, s'establiren colons cristians, entre aquest any i el 1159, data en la qual apareix el nom de "Capafontes" en la carta de població de Prades. Aquesta situació restà inalterable fins el 1324, en què s'incorporà al comtat de Prades, creat per Jaume II en favor del seu fill Ramon Berenguer, el qual el passà al seu germà Pere. La història de Capafonts a partir d'aleshores, ha estat molt relacionada amb aquest comtat fins la seva desaparició. L'any 1425 passà a la família dels comtes de Cardona. Capafonts està inclosa a la carta de població de Prades des de 1159.
Època Moderna
A partir del 1425, Capafonts va pertànyer al comte de Cardona (després duc), fins que a les darreries del segle XVII passà al duc de Medinaceli. En morir l'últim sense descendència, les possessions passaren al duc de Feria.
Època contemporània
La història de Capafonts en aquesta època no es diferencia de la majoria de la resta de la muntanya: intervenció amb voluntaris a la guerra napoleònica, constitució d'un patrimoni públic que passà a l'Estat el 1855 amb la llei Madoz, conseqüències de les guerres dels carlins, pel fet de trobar-se en lloc de pas de les forces d'una i altra banda, etc. Però el fet més rellevant fou l'evolució demogràfica: després d'una època a mitjans del segle XIX d'un augment notable, entrà, com la majoria dels pobles de la muntanya, en un procés de davallada constant. Les dades són aclaridores: dels 532 habitants que hi havia el 1860 (la xifra més alta de la seva història), passà a 422 el 1900, a 292 el 1950 , i així fins a l'actualitat.
L’aprofitament del Bosc
Durant tota la història, la principal activitat ha estat l’agricultura, que es veia complementada per la ramaderia, i l’explotació del bosc del que extreia llenya, carbó vegetal, petites explotacions mineres i productes alimentaris aconseguits mitjançant la caça, la pesca i la recol·lecció de castanyes o bolets; també cal esmentar les arnes d’abelles, per obtenir mel i cera. A més també cal tenir en compte les glans, de les alzines i els roures, les herbes remeieres.
